Godine 1937. na Tehničkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu osnovan je Zavod za građevne konstrukcije putem kojega su se ugovarali arhitektonski projekti, a uz supotpis ovlaštene tvrtke. U provedbi je to značilo da je svaki ugovor bio ovjeren s dva žiga - žigom Zavoda za građevne konstrukcije i žigom ovlaštene projektne tvrtke. Taj je zavod omogućivao zaposlenicima Fakulteta da sudjeluju u stručnom radu. Zavod je pod tim imenom djelovao do 1963. godine, kada je osnovan Zavod za investicijsko-tehničku dokumentaciju, poslije preimenovan u Zavod za arhitektonsku tehničku dokumentaciju.
Više od desetljeća nakon utemeljenja Arhitektonskoga fakulteta osnovan je 1974. godine Zavod za arhitekturu kakav i danas postoji, s ovlaštenjem ugovaranja, projektiranja i izrade arhitektonske tehničke dokumentacije. Svrha Zavoda bilo je promaknuće nastave te suradnja s gospodarstvom u razradi i rješavanju znanstvenih, istraživačkih i stručnih zadataka putem teoretske i stručne primjene znanstvenih postignuća.
Statutom iz 1978. godine utvrđeno je postojanje sljedećih zavoda: Zavod za arhitekturu, Zavod za urbanizam, Zavod za povijest i teoriju arhitekture, Zavod za zgradarstvo i Zavod za teoriju arhitektonskih konstrukcija. Zavodi su utvrđeni kao poslovne jedinice fakulteta s istim pravnim položajem i ravnopravni u međusobnim odnosima. Mogućnost osnivanja novih zavoda, spajanje postojećih ili njihovo ukidanje odvijalo se na prijedlog Znanstveno-nastavnog vijeća, a odluku o tome donosio je Savjet Fakulteta. Uvjet za osnivanje novog zavoda bilo je najmanje pet znanstvenih djelatnika ili deset stručnih suradnika. Radom svakog zavoda rukovodio je predstojnik izabran iz reda Znanstveno-nastavnog vijeća Fakulteta.
Statutom iz 1984. godine zavodi su shvaćeni kao unutarnje ustrojbene jedinice fakulteta, stvorene u svrhu rada na određenim znanstveno-istraživačkim i stručnim zadacima, samostalno ili u suradnji s vanjskim naručiteljima, a putem primjene teoretskih i znanstvenih postignuća arhitektonsko-urbanističke struke. U zavodima se djelomično odvija i pedagoški rad sa studentima, koji se katkada uključuju u rješavanje i izradu stručnih projekata.
U radu zavoda sudjeluju svi djelatnici fakulteta, neovisno o matičnoj pripadnosti, a prema osobitosti zadatka koje pojedini zavod obavlja. U skladu s matičnim granama znanstvenog polja arhitekture i urbanizma, na fakultetu djeluju sljedeći zavodi: Zavod za arhitekturu, Zavod za urbanizam i prostorno planiranje i pejzažnu arhitekturu, Zavod za graditeljsko naslijeđe i Zavod za zgradarstvo i fiziku zgrada.
Istraživačke aktivnosti danas zahtijevaju kompleksnu logističku podršku, posebno u segmentu projekata financiranih iz europskih fondova i međunarodnih mreža. U svrhu objedinjavanja i administrativne podrške takvim aktivnostima 2017. je osnovan Zavod za istraživanje, razvoj i inovacije kao samostalna jedinica Arhitektonskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu koja provodi istraživačke projekte u arhitekturi, urbanizmu i srodnim područjima, te razvojne projekte.
