U prvom desetljeću 21. stoljeća Arhitektonski fakultet započinje s pripremama za usklađivanje visokoškolske nastave s europskim arhitektonskim fakultetima. Pojačava se međunarodna suradnja s drugim europskim i američkim arhitektonskim fakultetima i uglednim arhitektonskim školama - u Zagreb dolaze strani studenti s profesorima, naši nastavnici i studenti sudjeluju u međunarodnim radionicama, te se dogovara potencijalna buduća suradnja koja je ograničena zbog naših skromnih financijskih mogućnosni pa se odvijala više i češće zahvaljujući entuzijazmu naših nastavnika. Arhitektonski fakultet pojačava svoju nakladničku djelatnost što rezultira redovitim izlaženjem znanstvenog časopisa Prostor za arhitekturu i urbanizam, kao i tiskanjem brojnih knjiga, udžbenika i priručnika autori kojih su profesori Fakulteta, te drugih publikacija s ciljem unapređenja nastave. Početak 2000-tih obilježen je raspravama i upoznavanjem s Bolonjskom deklaracijom o visokoškolskoj izobrazbi na europskim sveučilištima, a ubrzo su započele i pripreme za promjene nastavnog plana i programa. Novooblikovani studijski program i izvedbeni plan studija predstavlja značajan odmak od dotadašnjeg nastavnog plana i programa. U novome prijedlogu studijskog programa, u duhu Bolonjske deklaracije koja pretpostavlja smanjenje sari predavanja u korist samostalnog učenja, veća se težina stavlja na pojedinačni rad studenata i pojačani rad u projektnim studijima - radionicama.
Kao nasljednik tehničke tradicije, Arhitektonski fakultet njeguje širinu i tradiciju inženjerskih znanja koju upotpunjuje umjetničkim principima i promišljanjima te nadograđuje oblicima rada prepoznatljivima za procese arhitektonskog projektiranja i urbanističkog planiranja. Uz velike promjene, naporne pripreme i optimizmom nastavnika napravljen je novi nastavni plan i program tzv. bolonjski nastavni plan - koji je prvi puta uveden u akademskoj godini 2005./2006. Cilj je bio da se studijski program može usporediti s programima uglednih europskih sveučilišta, a posebice s ETH Zurich. IUAV Venecija, RWTH Aachen, TU Delft i TU Wien.
Od akademske godine 2005./2006. započela je nastava na novom trogodišnjem Preddiplomskom studiju Arhitekture i urbanizma (Bachelor studij) koji su prvi studenti apsolvirali u akademskoj godini 2007./2008., a zatim slijede i prve diplome prvostupnika (baccalaureus) arhitekture i urbanizma. Od akademske godine 2008./2009. započinje prvi ciklus dvogodišnjega Diplomskog studija Arhitekture i urbanizma (Master studij) koji je nastavak prethodnoga preddiplomskoga studija.
Istodobno s početkom nastave na Preddiplomskom studiju od 2005./2006. godine, u razdoblju 2005. - 2008., na Arhitektonskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu proveden je u sklopu Tempus programa projekt "Reforma arhitektonskih kurikuluma u Hrvatskoj", međunarodni projekt reforme sustava arhitektonske edukacije u Republici Hrvatskoj. Projekt je prijavljen u suradnji sa sljedećim ustanovama: RWTH Aachen (koordinacija projekta), FGAG Split, TU Wien i IUAV. Radnu grupu s ovog Fakulteta vodio je prof. Bojan Baletić. Cilj je tog projekta bilo je usklađenje nastavnog izvedbenog programa u Zagrebu s nastavnim programima drugih europskih sveučilišta u duhu bolonjske zamisli visokoškolske nastave, osigurati upravljanje kvalitetom stalnim vrednovanjem i prilagodbom kvalitete studiranja, potaknuti mobilnost studenala i nastavnika te ustrojiti nove metode podučavanja i učenja omogućujući usporedivost i pokretljivost studenata i nastavnika u sklopu europske visokoškolske nastave. Nakon tri godine intenzivnog rada i značajnih promjena u strukturi, sadržaju i organizaciji studijskih programa, implementiran je aktualni preddiplomski i diplomski studijski program arhitekture i urbanizma.